Yo-kai Watch: Un día, mientras buscaba insectos en el bosque de Floridablanca (ciudad basada en Tsukuba y llamada Sakura New Town en Japón), un chico llamado Nathan Adams (conocido como Keita Amano en Japón) se encuentra con una peculiar máquina de cápsulas cerca de un árbol sagrado. Cuando abre una de las cápsulas, aparece un Yo-kai llamado Whisper, que da a Nathan un dispositivo conocido como Yo-kai Watch. Gracias a este aparato, Nathan es capaz de identificar y ver diferentes tipos de Yo-kai que rondan a las personas y les hacen travesuras. Acompañados por el gato Yo-Kai`Jibanyan, Nathan y Whisper empezarán a hacerse amigos de todo tipo de Yo-kai, a los que podrán convocar para combatir contra los Yo-kai malintencionados que habitan en su ciudad, rondando a sus residentes y causándoles terribles problemas.

Flamileón: Es un feroz Yo-kai con aspecto de león al que le encanta ganar en todo y esto provoca que los humanos sientan la urgente necesidad de embarcarse en competiciones sin sentido.

Jibanyan: Es un adorable y peleón gato Yo-Kai que siempre está dispuesto a ayudar en las misiones.

Katie: Es la chica más encantadora del colegio y a Nathan le encanta. Pero no es solo una chica que le gusta, además es su amiga y tiene sus propios objetivos en la vida.

Nathan: Tiene 11 años y muchos amigos. Un día se encuentra una extraña máquina en el bosque, libera a Whisper y descubre a los Yo-Kai. Su misión ahora es coleccionarlos, porque cuantos más Yo-Kai amistosos tenga Nathan de su lado, más sencillo será que todo el mundo: su familia, sus amigos del cole y todo el pueblo.

Whisper: Es el mayordomo Yo-kai personal de Nathan, y quien le dio el Yo-Kai Watch. Whisper también le echa una mano a Nathan facilitándole información sobre cada Yo-Kai que encuentran y dándole ideas de cómo hacerse amigo suyo. Aunque no siempre se le ocurren las mejores soluciones…